明英宗知道于谦是一个忠臣，但他还是杀了于谦。那是因为明代宗朱祁钰更换太子的时候，于谦选择了沉默，没有为太子辩解，所以明英宗杀了于谦。
明英宗朱祁镇是历史上唯一一个被俘虏过的皇帝，当初也先侵扰边境，明英宗受了太监王振的蛊惑，坚持要御驾亲征，虽然勇气可嘉，但是奈何明英宗并没有带兵作战的本领，所以最后导致了明朝五十万军队有去无回，就连明英宗被瓦剌也先所俘虏，这场战争史称“土木堡之变”。国不可一日无主，当时因为明英宗被俘虏的事情人心惶惶，是于谦站出来稳定了局面，和孙太后一起推举朱祁钰代理朝政，后来朱祁钰转正，成为了明代宗。

单从这一点来说，明英宗并不忌恨于谦，因为不管怎么说，是于谦保住了大明的江山，而且那个时候明英宗的儿子还是太子。在明英宗被俘虏以后，所以没让太子继位，也是形势所迫，太子年纪太小，也先的军队兵临城下，小皇帝根本起不到震慑的作用，这一点明英宗也是理解的。后来明英宗回来了，这是所有人都没有料到的，所以明英宗被囚禁了。但是当时达成了一个协议，那就是最后还是由明英宗的儿子继承皇位，所以明英宗也就不说什么了。

但是错就错在于谦后来犯了一个错误，明代宗想要废了明英宗儿子的太子之位。这违背了当时的约定，而这个时候于谦竟然选择了沉默。想当初他拥立朱祁钰为皇帝，完全是出自于为朝廷着想，明英宗对他也是很感激的。但是在更换太子的问题上，于谦选择了沉默，这让明英宗无法接受，所以明英宗复位以后，明知道于谦是忠臣，还是杀了他。

于谦是明朝时期一位非常有骨气的官员，他最敬佩的人就是文天祥，一直以文天祥当做自己的榜样。于谦在当时考中了进士，但是一直到很多年之后才真正被皇帝所重用。于谦不仅仅是一个非常正直的大臣，而且也是一个民族英雄，和岳飞还有张煌明一起并称为是“西湖三杰”。不过于谦在明朝的夺门之变之后，被人陷害而被抄了家，结局非常悲惨。

于谦之前在江西当官的时候为百姓鸣冤招雪，所以深受百姓的爱戴，当时的皇帝知道于谦的才能之后看到了他的成绩就给他升了官，并且亲自写了他的名字，不过于谦在升官之后还是像以前一样的为民请命。于谦在当官的时候一直廉洁自守，从来没有收受贿赂，也不会给别人送礼，只关心百姓，所以名声一直很好，但是这样的人和当时腐败的风气是格格不入的，也直接影响到了一些人的利益。

因为于谦当时没有给朝中的一位叫做王振的大臣送礼，所以王振就找了一个借口抓了于谦，直接引起广大百姓的不满，很多大臣也一直在为于谦说情，包括其他地区的帮忙都有，站出来帮忙，所以王振赶紧找理由放了于谦。后来土木堡事件发生之后，明朝也陷入了危机，正在大家都非常惊慌的时候，于谦主动站出来收拾了残局，将当时的京城再次巩固了起来，也让明朝回归了正轨。

自此之后，于谦就成为了皇帝身边非常信任的臣子，于谦办事能力非常强，而且非常的廉洁。又过了几年之后，明朝发生了夺门之变，朝中的几位大臣重新把朱祁镇奉为皇帝，这些人联合起来陷害于谦，导致于谦被杀害。于谦的家里面被抄家的时候，那些来抄家的人根本不敢相信这是一个位高权重的大臣的家，因为这里仅仅是一个能够遮风挡雨的地方，所以在场的人也非常感动。明英宗后来知道这件事情之后，也非常后悔处死了于谦。

于谦于少保是大明的功臣，他忠于大明，忠于江山社稷，但忠于的却不是明英宗朱祁镇。朱祁镇心里很不满。后果很严重，于是于谦就被杀了。

土木堡之变后，明英宗朱祁镇被瓦剌首领也先掳走，也先把他当成人肉提款机，想就此要挟大明给钱、给地、给美人。并且又把他当作钥匙，叩开边关大门，劫掠百姓。

于是，北京的留守朝廷在于谦的带领之下，并且通过太后的首肯，把朱祁镇的弟弟朱祁钰推上了皇位。这样，明英宗朱祁镇就失去了作用，威胁不到大明王朝了。

从大明江山的角度来说，这个做法没有问题，非常正确。但是对与朱祁镇来说，那可就不一样了。他心想：“你们这群文武百官，当年对朕俯首称臣，天天万岁万岁的。到关键时刻，就不管朕的死活了，就并且还另立新帝，朕的儿子为啥不能当皇帝？”朱祁镇就此恨上了以于谦为首的文武百官。

后来明英宗朱祁镇回来之后，迎接他的不是荣华富贵，而是荒凉的南宫。在南宫中，朱祁镇受尽了苦头，不能出门，衣服食物也不富裕。在瓦剌也就算了，在大明也受到这样的待遇，明英宗朱祁镇估计每天都在骂朱祁钰和他的大臣了。

后来，景泰帝朱祁钰当了几年皇帝后，想法不一样了。本来说好的，为了战胜瓦剌人，先让朱祁钰登基为帝，但却立朱祁镇的儿子朱见深为太子。可是朱祁钰坐稳江山后，想立自己的儿子为太子，于是他就把干了几年太子的朱见深给废了，立了自己的儿子朱见济为太子。

这一下，朱祁镇说更不能接受了。朕这个皇帝不当就算了，日后儿子当皇帝也一样，可现在，就连这个指望也给掐断了。你于谦作为第一重臣，怎么也不阻拦一下？于是他就更狠于谦了。

也是朱祁镇命不该绝，后来景泰帝朱祁钰病重，在石亨、曹吉祥、徐有贞的主谋之下，发动了“夺门之变”，朱祁镇又重新当上了皇帝。

朱祁镇忍受了这许多年，终于可以有仇报仇有怨报怨了，他当上皇帝后直接就把于谦抓起来送进了大牢。但于谦为人正直清廉，杀于谦得有罪名，最后想出一个“意欲迎立外藩”的罪名，就这样一代忠臣于谦被杀害了。

所以说，朱祁镇要杀于谦，不管你多么清廉，多么能干，为大明立下多大功劳。这些和朱祁镇无关，他杀于谦，是因为他恨于谦。