随着时间的推移，军区系统也日渐瓦解，军区将军和高级军官成为了他们的军区中的大土地拥有者，利用他们军政合一的权力将他们的土地变为世袭的半自治封邑，而军区农兵则开始变为类似于私人部队的形式。尽管皇室知道这种转变的危险性，但他们也无能为力。实际上皇室除给向这些这些新的地方贵族妥协，给他们更多的权力以交换军事支持外几乎别无选择，即使是最强势的大地主们要求完全免税的时候。尽管一系列法令先后颁布，越来越多的军区小农还是被挤出了土地拥有者之列，他们的土地则并入将军们的封邑。这严重影响了军区作战部队的数量。据波斯人Hudud al-Alam于982年的记录，每个东部军区只能集结3000-6000人，而拜占庭人在970年的记录则称每个军区提供的部队不足三千人。
这种情况导致来自军区大地产贵族的尼基弗鲁斯二世（963-969）减少甚至解散了一些军区的本土部队，而军区将军们也更加频繁的雇佣佣兵作战。这种因本土军区部队质量低下而对佣兵日益增长的依赖性，在1067年召集军区部队时可见一斑——据称此时的部队主要由马其顿人（指斯拉夫人）、保加利亚人、卡帕多西亚人（可能指亚美尼亚人）、乌泽人、法兰克人、瓦拉几亚人和各种“其他的路过的佣兵”。所剩无几的拜占庭本土部队则是“……贫穷困苦并缺乏装甲，他们没有剑和其他兵器……他们用猎叉和镰刀代替……而且他们也没有马和其他装备。因为已经很久没有皇令召集他们上战场，他们的工资和装备维护费早已被挪用了。”更可怕的是，这些文字描述的是安纳托利亚军区部队，东部诸军区中最精锐的一支。
军区兵员质量迅猛衰退的主要原因，与其说是将军们对土地的侵吞，更不如说是10世纪军区将军与贵族官僚间激烈的内讧导致的恶果。两者的野心在巴西尔二世在世时还依然能得到控制，但此后失去控制的斗争变的更加激烈。此后的30年间平均每年都有大的地方将军叛乱，在1057年，一位有为的将军伊萨克·科穆宁甚至夺取了皇位，做了两年皇帝。
而叛乱平息后贵族官僚必然用解散部队、把农兵的义务转换为adaeratio（免除兵役，改付税款）、将将军解职甚至处死或这拒付剩余农兵的工资或维护费的方式报复。如君士坦丁九世（1042-1055），完全将东部边境的依伯利亚军区（Iberia）约五千人的部队解散，改为务农缴税。我们也可以看到许多当时的士兵工资被拖欠或者供养他们的维护费被剥夺的情况。
以上这些问题，加上内战导致的人力消耗、在财阀侵吞下小农兵土地持续的缩减共同导致了曼兹科特战前的军力衰退和恶化，而即使那场灾难性的失败后，这些问题也依然不息。

在1204年十字军攻破君士坦丁堡后，拜占庭流亡政权尼西亚帝国曾经一度复兴过军区制，并在东欧国家的帮助下消灭了十字军和威尼斯人建立的拉丁帝国。但在帕略奥列格王朝，皇帝的分封很快毁灭了刚刚复兴的军区制，并让本已一贫如洗的帝国从此一蹶不振。1453年，奥斯曼人进攻君士坦丁堡时，军区制和与军区制相关的名词已经在这片土地上彻底消失了。

尽管拜占庭几乎总包含着相当的佣兵军团，但随着军区制的衰退与瓦解，佣兵数量也在稳步增加。并此消彼长地制约着军区部队的势力。随着贵族官僚与军区将军明争暗斗的持续，越来越多的佣兵部队被雇佣来代替不满编、训练差乃至已解散的部队。在尼基弗鲁斯二世的时代大部分（甚至全部）轻骑兵是雇用的亚洲弓骑兵，而在11世纪中期拜占庭大部分军团的过半数部队都是外族佣兵。
大部分的佣兵来自突厥各部，佩臣涅格人也是重要的一部，此外还有大量其他民族参与。第一次十字军东征时的法国编年史家经常提到亚历克修斯一世时期源自各民族的佣兵组织，特别是佩臣涅格人、库曼人、乌泽人和突厥人。据一个佚名编年史家的记录，1096年君士坦丁堡除希腊人之外还有“保加利亚人、阿兰人、库曼人、佩臣涅格人、意大利人、威尼斯人、罗马人、达西亚人、英格兰人、阿马尔菲人，甚至突厥人和许多异教徒、犹太人和皈依者，克里特人、阿拉伯人以及各民族的人”。尽管这些中的一些民族，如威尼斯人、阿马菲尔人和犹太人是商人或艺术家，但大部分还是为（至少曾经）军队服务的。当然大部分这些部队，和许多其他部队都是在拜占庭在曼兹科特会战惨败后部队重建中出现的。安娜·科穆宁娜称这些他父亲在位时的佣兵们为“来自世界各地的步兵和骑手”。
许多部队作为自治部队存在，有自己的领袖，由帝国的附庸国和封臣供养。这样的部队被称为“Symmachoi”或者盟军，就像古罗马的“Symmachiarii”那样。在11世纪，这个词通常被用来称呼佩臣涅格人、塞尔维亚人、乌泽人和罗斯人。
考虑到即使在军区制的顶峰，即9-10世纪时，只有最大的军区才能供养4000一流骑兵，这些佣兵的数量其实很可观。1049年雇佣了15000佩臣涅格人，在曼兹科特会战后拜占庭立即雇佣了3000诺曼人，在1078年各部队共有2000塞尔柱克突厥人、6000阿兰人和8000诺曼人，此外还有数量不明的佩臣涅格人和意大利人。在1091年勒文尼乌姆会战中可能有多达四万人的库曼人和拜占庭人共同作战。
然而这一切的后果也很明显。佣兵的忠诚永远难以信任——对自视甚高的法兰克系佣兵尤为如此——而赏金或者其他高额鼓励也在开战前就必须拿出。而当工资无法按时支付时（而且经常如此），佣兵就会使用让人头疼的解决方法：临阵脱逃或者直接抢劫友军（拜占庭的）领土。 在曼兹科特会战惨败于突厥人之后，已经临近瓦解的拜占庭人在一系列的内斗中丧失了小亚细亚的全部土地，而曾经是军区制发源地的东部战区的土地就此落入他人之手。直到亚历克修斯一世（阿厉克赛一世）上台时，拜占庭人已经没有财力和人力组建新的部队，而残存的军区部队和皇家近卫军也在底拉西乌姆会战中消亡。拜占庭人不得不采用普罗尼埃制。与军区制的土地拥有者不同，普罗尼埃土地拥有者stratiotes或pronoiarios需缴的税以及现金和实物租金都少于军区农兵，尽管这片土地不能继承（至少在13世纪之前如此）。许多拜占庭贵族也以服骑兵役为条件（可能带有定量的私人随从）成为普罗尼埃制的受益者。但普罗尼埃制的唯一缺点，就是大大减少了帝国的税款收入，使帝国能够供养的常备士兵日益减少。这一饮鸩止渴的策略，加上拜占庭对佣兵的依赖共同摧毁了军区制，也毁灭了拜占庭复兴的希望。