清政府统一新疆后，于1762年10月设立伊犁将军府，在新疆实行以伊犁将军为首的军事统治。伊犁将军对于新疆不同地区和不同民族，又分别实行不同的统治制度。

在北疆实行的是扎萨克制度，在东疆汉人较多的地区实行郡县制度，在南疆维吾尔族大部分地区沿袭原有的伯克制度，但取消了伯克的世袭制。1882年沙俄被迫归还中国伊犁地区以后，清朝政府于1884年在新疆建省。

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新疆建省以后，只使用“新疆”一名，而不再使用其他名称。清政府之所以改“西域”为“新疆”，有以下原因：

一方面，到乾隆皇帝时期（1736-1795年），清政府的政令终于可以通行于全中国，完成了清朝前期几代皇帝统一中国的任务。

乾隆皇帝为此十分自负，将由自己最后确立清政府统治的地区称作“新疆”，当时被清政府称为"新疆"的地区还有云南乌蒙地区，贵州黔东南古州一带、安顺与钛宁附近，四川大渡河上游的大、小金川地区。清政府平定准噶尔部的叛乱以后，也将古称西域的天山南北地区称为"新疆"。

另一方面，左宗棠从阿古柏手中收复新疆，从沙俄手中收复伊犁地区以后，力主在新疆建省。以新疆为省名，表达了一种新的意思，即新疆自古以来是中国的领土，由于新从阿古柏手中收复，具有"故土新归"之意，这包含了收复失地的爱国将士对这片土地的感情。

参考资料来源：中国网——清统一新疆

通过设立伊犁将军，实行军政合一的军府体制管理新疆。

清朝平定天山南北的准部、回部叛乱后，设置以伊犁将军为首的军府体制管理天山南北，即在伊犁将军之下分设乌鲁木齐都统、塔尔巴哈台参赞大臣和喀什噶尔参赞大臣，分辖新疆东部和天山南北地区。

在北疆蒙古游牧各地的辟展、古城、巴里坤、吐鲁番、库尔喀喇乌苏分设领队大臣，在维族聚居的南疆八城喀什噶尔、叶尔羌、和阗、库车、乌什、喀喇沙尔、英吉沙尔、阿克苏及哈密等地分设办事大臣等，分别统领驻军，统辖各地各城边防、台站、卡伦、贸易关税等军政事务，构成清代新疆的军府体制。

在这一军府体制中，全疆各地的驻防大臣名义上虽由伊犁将军节制，但由于各种原因，清朝中央通过限定人选、专折奏事等方式，赋予这些驻防大臣相对独立的实权，使之位高权重。这种管理机制在清代一直是影响新疆政局的关键因素。

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在新疆的军府体制中，只有伊犁将军和乌鲁木齐都统属于职、衔一致的实职官员，在武职官员中列从一品，其他各地的办事大臣、领队大臣均属于临时派遣、原衔兼任的官缺。这些官缺在《清会典》中有明确规定，并有相应的养廉银。

总之，鉴于当时的历史、地理条件，清代新疆的办事大臣制度曾形成位高权重、独立行事的特点，这使得办事大臣在边疆稳定方面发挥过重大作用。但不受监督的权力也曾屡屡激化矛盾。直到晚清，随着交通、通讯、军事补给等条件的大规模改善，分区驻防、各自为政的办事大臣制度最终为行省制所取代，原来有办事大臣驻防的各城，变为由新疆巡抚直辖的厅、县，使新疆的行政管理进入一个新的时代。

参考资料：中国共产党新闻网-刘文鹏：清代南疆的“办事大臣”制度

1、清太祖努尔哈赤建国，创立军政合一的八旗制度，对满洲各部及陆续归降的蒙古、汉人实行八旗组织管理。至清太宗皇太极时，又增设蒙古八旗和汉军八旗。

同时，开始依仿明制，改订中枢官制，建内三院和六部二院。入关后，清承明制，采用明朝行省、州、县行政体制，对广大内地(包括西南地区)实行直省统治。

2、清朝对北部和西部边疆民族地区实行的是不同于内地行省制的藩部管理模式。

清朝所谓藩部，在地域范围上指内外蒙古、新疆和西藏，是相对于清朝直省统治的内地和东北而言。藩部与内地同属清朝版图，只是在管理模式上有所不同。

3、为加强对西北边疆的统治，清朝在伊犁设立总统伊犁等处将军(简称伊犁将军)，统辖包括天山南北及巴尔喀什湖以东以南直到帕米尔的广大西域地区。

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清朝统一边疆：

1、平定准噶尔

在清康熙帝的“御驾亲征”下，噶尔丹一挫于乌兰布通(今内蒙古克什克腾旗境内)，失却了攻击的锐气;再惨败于昭莫多(今蒙古乌兰巴托南宗莫德)，根本上丧失了抵抗力量。

此后，噶尔丹率残部流窜于塔米尔河流域一带，“困穷已极，糗粮庐帐皆无，四向已无去路”，于康熙三十六年(1697年)病死于阿察阿穆塔台地方。

2、统一回部

乾隆二十年(1755)清朝进军伊犁，不仅吐鲁番降清，塔里木盆的库车、拜城等亦纷纷归附，而乌什阿奇木伯克霍集斯更是擒达瓦齐以降。

参考资料来源：人民网-刘正寅：清朝治理西域的历史经验【2】

康熙帝为加强对北方边疆的管理的措施：平定准噶尔的叛乱；与内外蒙古首领在多伦会盟，加强与蒙族的团结；册封活佛，尊重喇嘛教；设立木兰围场和避暑山庄处理民族事务，加强北方边防。

康熙十六年，他出兵攻灭了移居青海地区的和硕特部。次年，又趁回部伊斯兰教派内部纷争，占领了天山南路的叶尔羌回城，还占据了哈密和吐鲁番，控制了河西走廊的西部，并不断干涉漠北蒙古的事务。

扩展资料：

清朝统治者统一西北、平定准噶尔叛乱中剿抚并用，为国家统一而战。清军平定准噶尔贵族的叛乱，是一次维护祖国统一、反对民族分裂的正义战争。巩固了清朝对西北边疆地区的统治，打击了沙皇俄国的侵略势力。西方也有清朝向西北扩张属于近代早期的帝国对外扩张模式的观点。