当时众寡悬殊，源赖朝在敌军拥有数倍优势的情况下被打败，逃入箱根山。据说他在山中潜藏时，已被敌军发现，但敌将娓原景时有意将他放走。
赖朝辗转逃到安房，在那里筹谋再起。他先后亲赴下总、上总和武藏等地，得到各地武士团的支持，兵力急速增长，几乎接管了关东地区所有的武士团。于是，他在10月率军进入故地镰仓，以此为根据地重建了源氏势力。
石桥山之战以后，平清盛得悉源赖朝在镰仓扩展势力，立即召令东海、东山两道的武士团火速进行征讨。征讨军于9 月底从京都出发。此时，赖朝获得不少援军，声势大振，便于10月16日率大军20万自镰仓出发，决心迎击平氏的追讨军。 10月下旬，双方在富士川发生会战，平氏军队被打败。在此战过程中，赖朝获得甲斐国源氏、武田信义、安田义空，特别是其胞弟从奥州率兵增援和汇合，发展成了强大势力。
富士川之战产生了重大影响。此后，全国各地反对平氏的势力蜂起。平清盛年老，在败势面前忧郁成疾，于1181年2 月死去。当初应以仁王令旨举兵的关东武士源义仲，趁机于1183年5月夺得了京都，但他专横跋扈，很快激起了公卿和民众的反感。正与平氏军周旋的源赖朝，接到后白河法皇的密旨，命他筹谋将源义仲铲除。赖朝受命后，即派源范赖、源义经率军向京都进击，并于1184年1 月在宇治川和近江粟津击败源义仲，随后进入京都。紧接着，源范赖、源义经率军迎击试图反扑的平氏大军，于2月7日发生了有名的一谷之战，平家军大败。 从此，无论在政治上还是军事上，源赖朝都占有压倒平氏的优势。一谷之战后，平家军退守其根据地屋岛，实际上只能控制獭户内海，求得暂时自保。由于海军力量薄弱，源赖朝不得不花费半年多时间准备渡海作战。其间，不少地方武士势力前来献兵献粮和兵船等等。
1185年2 月和3 月，双方接连发生屋岛之战和坛浦之战，平家军彻底失败。平氏一门将领，或自杀，或被俘，终于遭受了灭顶之灾。

　　平清盛

　　平清盛和源赖朝是平安时代末期日本最为显赫的两个家族的家主，两个人都对日本武家政权的建立功不可没，但二人分属不同阵营，是名副其实的对手。二人的对抗是平安时代末期的历史主旋律，武士在日本政权中心粉墨登场。 　　平清盛和源赖朝的关系 　　源赖朝和平清盛是当时日本两个最有权势家族的家主。平清盛是平家的家主，他在和源氏的争权斗争中战胜了源义朝（源赖朝的父亲），掌控了朝廷大权（当时的天皇是没有权力的），后来源氏一族家主源赖朝起兵反对平清盛，源氏打败平氏后源赖朝创建了日本的第一个幕府，此时的平清盛已死，源氏极力打压平氏。 　　源赖朝和平清盛的艺术形象 　　涉及平清盛的影视题材很多，有《新·平家物语》《义经》《平清盛》等。《新·平家物语》《义经》《平清盛》中的平清盛的共性就是有很有人情味。这样的情节不胜枚举，比如《新》里面平清盛有感于崇德上皇侍从麻鸟的忠实，给予路费，后来又聘任麻鸟作私人大夫；《义经》里面默认义经为子；《平清盛》更不用提了。作为真实历史，平清盛讲人情不无道理。因为平家走的是做朝廷高官这条路，而朝廷的架构主要还是延续中国的方式，重视人情对于维护统治增强联盟很有帮助。 　　但是从另一面说，重视人情也会和历史发展不合拍。藤原家依靠姻亲的人情推行摄关政治二百年，被院政取代就已表明历史在运动，单靠人情不吃香了；但是平家居然也走上了这条路，一门亲族全都做了大小官职，堵塞了其他人的出头之路。所以说最后的失败是不可避免的。 　　说源赖朝是大政治家，很多书也这么说。但是源赖朝的艺术形象出现不多。前述三作里面几乎都不是主角。以出现次数比较多的《义经》为例，源赖朝给人的感觉就是“二进制处事法”：对他来说，周围人只有两种态度，忠于或者不忠于。忠于的就用，不忠于的就杀，即使是手足。情感是艺术创作的重要因素，而二进制处事法恐怕只够做个反面人物。虽然二进制的方法保障了武家政治的建立，但源赖朝终归不是计算机，还有稍许的情感。于是就被北条家利用来谋取自己的福利。本来要推翻“人情”的平家，建立公平的制度，最后还是把天下交到了北条家手里，真是对源赖朝二进制为人处世的莫大讽刺。

坛浦之战：平源兴灭之战

前因：屋岛之战

1185年2月，源义经率军在屋岛击败平氏军队，平氏战败，丢掉了濑户内海的地盘，原本依附平氏的家族也纷纷离散。公元1185年3月24日清晨6时许，征讨平家的源赖朝率领的源氏军与平宗盛领导的平氏军在关门海峡的坛浦展开决战，战争以源氏大获全胜，平家覆灭而告终，史称坛浦之战。

在此前的屋岛之战中，平家战败，战争对于平家而言失去的不仅仅是地盘，树倒猢狲散，原本依附于他们、给他们提供资金、兵源的家族纷纷脱离了平家。独木难支的平家如同丧家之犬一般逃到了长门的彦岛。作为统帅的源义经乘胜追击，双方在坛浦摆开阵势准备一决胜负，这场决定平家命运的大决战就此展开。

平家此时的家主、权大纳言及内大臣——平宗盛心知，这一场战斗除了胜利没有第二条生路。只有这场仗赢了，才能为平家赢得喘息之机，才能让那些叛逃的狗腿子再次畏惧平家的威势，战战兢兢地跪在他的脚下，颤抖着手献出自家的财富。而源义经也是要在这场战斗中彻底解决掉平家，一报家仇。平宗盛挖空老底，派出战船500艘，源氏则派出了840艘战船应战。

两军对垒，肃杀充斥在空气中，连岸边的水鸟都早早地飞走了，生怕被误伤。此时，平家以擅长海战为倚仗，率先发起进攻。顿时，杀声震天，平家海军顺着潮流向源氏的船阵中冲来。而源氏的海军逆流而上，行动迟缓，简直就成了源氏海军的活靶子。献血随着一个个从船上坠落的士兵而漂散开来。这时候，源义经做出了一个大胆的决定。

“攻击水手和舵手！”源义经高喊着发布着命令。旁边的副将一听赶紧阻拦：这是违反了海战的规矩，即使赢了也会被人辱骂、耻笑的。但是源义经完全没将副将的劝阻当回事，什么规矩，在战争面前，胜利就是规矩！手下的士兵此时也管不上什么规矩不规矩的了，保住自己的小命才是最重要的。

在源氏军队激烈的攻击之下，平氏部队的机动性开始降低，士兵也逐渐显现疲态。此时仿若是天公也站在源义经那边。到了正午，潮流发生了改变，源义经更是如虎添翼。他下令让船去靠近、撞击平家的船舰，借机登船杀敌。平家的船原先就因为丧失水手和舵手，机动性大大降低。

这个时候改变的潮流却是把平家拉入更深的泥沼，平家的船根本来不及撤退，源家士兵可以说是不会吹灰之力就登上了敌船，并在船上与敌军展开了激烈的白刃战。士气高昂的源家士兵越战越勇。反观平家士兵，退无可退，本想豁命一搏，可是对手太过强大，却又使他们产生胆怯心理。狭路相逢勇者胜，被环境吓破了胆的平家士兵被杀的杀，俘的俘。

只见河面上漂浮着士兵的尸体，源氏的、平氏的，一片一片的，淋漓的鲜血从尸体上流了出来，染红了河面，连鱼儿也不敢浮出水面了。平家众位将领、子嗣见大势已去，再也没有挽回的余地，纷纷投江自尽。曾追杀源义经，迫使他不得不连跳八艘船才逃出生天的平氏猛将——平教经在被逼入绝境之时，悍然冲出船去，最终裹挟着两名源军士兵一同跳江而亡。

平家的另一位猛将——平知盛生怕自己跳江死不了而沦为源氏的阶下囚，穿着重甲、背着船锚投江而亡。而平宗盛虽在落水后被救起，没死在坛浦之战，但是终究难逃被斩杀的战俘命运。

坛浦之战消耗掉了平家最后的一点军事力量。将领的覆灭，年青一代的死亡，就连最后的倚仗——安德天皇也死在了坛浦之战，平家已经没有任何起复的可能。源义经早先就已经因为军功太大而受到了源赖朝的猜忌。此次坛浦之战，源义经歼灭了平家的余孽，立了大功劳，可是却在无形中把扎在源赖朝心上的刺又往里面戳了一戳，为自己埋下了祸根。

后果：镰仓幕府成立

击败平家的源赖朝取代了平清盛，成为了当时日本的权利顶峰，握有极高权力的平清盛建立了镰仓幕府，逼迫天皇册封他为征夷大将军。

结论：坛浦之战，平家最终覆灭，源赖朝开始掌握日本的大权，也为后期源赖朝建立镰仓幕府，建立武士行政制度，架空天皇奠定了基础。