1944年3月，郭沫若在重庆撰文发表《甲申三百年祭》，揭露明末统治的黑暗，讨论李自成进北京之后的骄傲腐化和吴三桂的抉择。国民党认为此文用明朝影射当时国民政府的腐化；共产党将此文用于整风运动，提醒党员不要重蹈李自成的覆辙。 1944年是中国农历的甲申年，是明王朝灭亡三百周年，也是李自成领导农民起义胜利三百周年，一亡一兴，显示了更迭代序的历史轨迹。而这一年，也是中国的抗战第七个年头，中国将战胜日本，在这个时候已经是没有人会怀疑了。表面上，甲子五轮回，历史又重演，这也将是一亡一兴。从民族历史的角度，抗战也是中华民族的复兴。这个比喻可能并不恰当，因为，李自成和明王朝的兴递，从民族的角度看，是民族内部的斗争，而日本和中国的关系，从民族主义的角度更象是明与满人的关系。
但是，在事实上，李自成并没有真正取得胜利，其兴也忽，其败也速。甲申也是满人入关的开始，后来取得天下的也是满清王朝，所以，这一年又成为一个汉族民族主义的悲剧起点。争取抗战的胜利，如何取得最终的胜利，这又是当年的一个历史变数，也是当时的话语焦点。谁是最后真正的胜利者呢？这就成了一个历史对现实的疑问。
抗战和建立一个民族国家，是抗战时期思想的聚焦点。所以，当抗战即将取得胜利时候，建立一个怎样的民族国家？谁将是国家的领导者？已经摆在全体国民的面前，这个事实将使国共双方的冲突明朗化。甲申年的到来，各政治派别都很敏感。而中共在文化政策上有充分的自觉意识，调动历史话语为当代文化服务，一直是中共文化政策的重点。前述中利用节日纪念等等形式，取得民族文化代言人资格的文化运作就显示出这一点来。所以，对明、清易代的历史作政治学的研究，既是中共注意的重点，又是国人关注的重点，共产党很迅速的抓住了这个时间所蕴含的政治意义。
这一年元旦刚过，中国共产党领导的《新华日报》和《群众》周刊，已经准备辟专栏发表纪念文章。一月十五日，《新华日报》编辑于怀（即乔冠华）等人来天官府四号与沫若共商此事，即定下撰稿人名单，有郭沬若和“明史泰斗”柳亚子和历史学大家翦伯赞等人。 所以，精于从文化学术上做文章的中共，应该是对甲申历史进行纪念的幕后操纵者。
郭沬若写成了题为《甲申三百年祭》以后，《新华日报》副刊从三月十九日至二十二日分四天连载。为配合该文，当时的左翼报刊还配合发了许多文章以呼应该文。如当天(十九日)的《新华日报》上，发表了署名“宗顾”的文章《三百年前》：“这段历史虽是整三百年前的事，但特别因为现在我们正挣脱出一次新的亡国危机，回味起来，是更能感受到新鲜的意义的。何况至今，许多无耻的汉奸所干的正是当年的洪承畴、吴三桂的勾当，而因为受了传统历史书的束缚，还有人把明末的农民起义目为寇贼，反把卖国求荣的洪承畴当做圣哲，那么，把这段三百年前的历史弄弄清楚就更是有意义的事了。” 这段话提出纪念甲申的意义集中在给历史翻案的目的上，所指的却是为李自成农民军的造反起义作颂，要给历史上的寇贼和圣哲正名。当然，这种正名的标准也是依民族的标准和历史是非的判断。舒芜同时也在《新华日报》上发表题为《在情理之上》的读史笔记，从历史的事实论证着如太平天国等等一样的许多农民起义，是弱者起来反抗强权的带有正义性的弱者反抗，而这种反抗对于正在进行的民族抗日战争有积极的意义。《新华日报》次日还发表《甲申事变——明末亡国的历史》介绍了明末阶级斗争和民族斗争形势的急剧变动。 这里又引出阶级斗争与民族斗争的异同关系。紧接着，在四月十五日出版的《群众》上发表了柳亚子的《纪念三百年前的甲申》、翦伯赞的《桃花扇底看南朝》及《明末的政治风气》、《明末清初文学的时代意义》等文以为呼应。 也多是，以甲申为看点，以古史暗示当代的现实政治。 郭沫若《甲申三百年祭》的核心是论述明王朝覆灭的历史过程，而文章的收束点却是在总结李自成失败的历史教训。该文提出了许多历史新观点，他抓住明末一代波澜壮阔的阶级斗争和农民革命运动，从鲜明的对比中揭示了朱明王朝的必然灭亡和李自成农民起义军兴起的根本原因，深刻地总结了这支革命队伍最终失败的沉痛教训。其中关键论点有五：一是为晚明的农民起义正名，为农民起义和农民起义的领袖唱李自成唱了颂歌，一洗其传统的形象，将李叙述成为一个有作为的政治家。二是晚明皇帝崇祯进行了批判，斥之为民族罪人。三是说因为明朝的腐败政治和天灾人祸，农民起义的爆发和明朝的灭亡都是必然的。四是由于汉奸的出现才得以使满清占据了中原，而李自成部队的腐化削弱了部队的战斗力。五是指出牛金星杀死李岩、李信两个文人将领，是李自成失败的主要原因之一，所以，牛金星应该为民族悲剧负全责的人物之一。这些观点中值得注意的是为李自成正名和李岩这一人物的身份命运问题。而这篇文章的价值确实不只是停留在学术问题上，文中还有许多弦外之音，最明显的体现在政治的用意之上。
比如，文中提出许多历史假设：
“假使初进北京时，自成听了李岩的话，使士卒不要懈怠而败了军纪，对于吴三桂等及早采取了牢笼政策，清人断不至于那样快的便入了关。又假使李岩收复河南之议得到实现，以李岩的深得人心，必能独当一面，把农民解放的战斗转化而为种族之间的战争。假使形成了那样的局势，清兵在第二年决不敢轻易冒险去攻潼关，而在潼关失守之后也决不敢那样劳师穷追，使自成陷于绝地。假使免掉了这些错误，在种族方面岂不也就可以免掉了二百六十年间为清朝所宰治的命运了吗？就这样，个人的悲剧扩大而成为了种族的悲剧，这意义不能说是不够深刻的。”
……
“从民族的立场上来说，崇祯帝和牛金星所犯的过失最大，他们都可以说是两位民族的罪人。”
这个结论，虽然是崇祯和牛金星各打大板，其实是暗含着褒贬的春秋笔法。
文章本来已经形成了一个结论，也就是说，明朝的灭亡是大势所趋，不可扭转，而李自成军则是另可一论的历史变数，如果上面的假设成立，汉民族近三百年受异族压迫的历史就不会发生。也就是说，事实上，李自成的农民起义军，不应为这场民族悲剧发生负主要责任，负主要责任的倒是崇祯帝。如果说非要牛金星负全责也可以，这就首先要使李自成的历史地位合法化，其次才能谈到负责的问题。郭沬若这样写来，很明显有两个目的，一是提出民族罪人这一词，将汉民族悲剧的历史责任推向当朝的统治者，有欲其速朽之意。二是通过对李自成及其部下的行为批判，推出有可能挽救民族危亡这一历史悲剧的力量其实只在于他们，而可惜的是，他们由于腐化，没有做得更好，所以，诸多变数才促成了这一民族悲剧的发生。另外，文章中对崇祯帝的勤政也花过很大篇幅，表面是批评他的一些过失，实际上是在讲他无力回天，明朝已经是病入膏肓，无人能医。倒是农民军，虽然也有过失，却是中国的希望。行文至此，人们都可以会感受到郭沬若此文的真正杀伤对象，正是中国当政的国民党政府。而文中将摆脱民族悲剧的希望指向农民军，用意也明显是放在中国共产党的身上。同时期柳亚子和翦伯赞的论明史的文章，如四月十五日出版的《群众》上发表了柳亚子的《纪念三百年前的甲申》，翦伯赞的《桃花扇底看南明》及《明末的政治风气》、《明末清初史学的时代意义》等文。这都是从政治学上论述明朝灭亡是必然，而清入主中原，却是可以避免。这实际是从政治历史学的角度，以政治经济学的理论去解释历史。当然这也带有影射之意。
在学术领域内的影射早就存在，共产党左翼方面的学者这样做关于甲申的事变的学术结论，也可以说是出于对民国时期有关明朝灭亡的观点的反驳而生。以对明末农民起义功过评价为例，在这个问题上的国共两党学术界对此早已壁垒分明。早在十年内战时期，《汗血月刊》为配合国民党对中央苏区的军事“围剿”，连续刊登《中国明代匪乱的总检阅》等文，通过对明末历史的宣传为其“攘外必先安内”寻找历史根抵。钱穆、傅斯年在四十年代初就曾多次发表观点，认为明朝是亡于流寇的内乱和建州的外患，钱穆曾评论明末的时势，“其时对流寇常以议抚误兵机，对满洲又因格于廷议不得言和，遂致亡国。若先和满，一意剿贼，尚可救。” 有人在四三年根据傅斯年意见重新改写了《论建州与流寇相因亡明》一久声称：“明末中国有两大患，曰建州与流寇。而建州与寇两者又相因而动，相滋而长”，“‘盖流贼实因东事’而蜂起，‘东事亦缘流贼而不救”。这也是借古喻今，比附现实，把日寇的入侵、民族危机的加剧归罪于中国共产党人。如果从影射的意义上，这些都可以说是一种影射史学。说明着现代学术实际上和现代政治之间的密切关系。
所以，《甲申三百年祭》也可以说是从另一角度为农民起义张目。这自然会遭到国民党方面的批判。《中央日报》很快发表的社论就指责郭沬若此文是“鼓吹败战主义和亡国思想。这便是最近郭沫若的《甲申三百年祭》一文中所代表的思想”，叫嚣“不能姑息和放松这种反常思想，听其谬种流传”，表示要“共同纠正这一种思想，毫不姑息，毫不放松”。同时继续否定李自成起义说“三百年前，蔓延于黄河流域及黄河以北的流寇，以李自成为首领，于外患方亟之际，颠覆了明朝，其所得到的结果是什么呢?就是二百六十年的亡国局面。”这篇社论的作者是陶希圣，他很清楚郭沬若此文的所指，意在使反抗政府的农民暴动合法化，所以就特别强调明朝的灭亡是由于流寇的作乱，反对将崇祯为明朝灭亡的主要负责任者。叶青经过一个月的紧张炮制，抛出了名为《郭沫若〈甲申三百年祭〉平议》的长文。一方面对《中央日报》的社论大加吹捧：“《中央日报》在他底《甲申三百年船列出后与以批讯是很有道理的。”一方面攻击郭沬若说“这篇文章对于共产党底宣传十分和合。共产党要反对政府，这篇文章就尽力指责明朝，企图唤起人民的联想作用。共产党要煽动人民叛乱，这篇文章就根本是以明末大乱为题材，希望三百年前的甲申重演于今日的。共产党要在‘二万五千里长征’后以延安为根据来取天下’，这篇文章就歌颂流寇，尤其那‘同隶延安府的李自成张献忠’(郭沫若语)而称述其胜利。所以《甲申三百年祭》是适合共产党需要的一篇时髦文章。” 可见围绕《甲申三百年祭》而展开的论战并不单纯是学术之争。对《甲申》的评价也不能离开当时的历史条件和斗争环境。
陶希圣等人攻击明末农民起义，醉翁之意不在酒，他们把明末的民族悲剧归罪于李自成借以掩盖国民党积极反共、消极抗战使国土大片沦陷，从而面临亡国灭种危险的罪责。叶青说明亡清入而出现的民族灾难“推其原因，直接的是起于陕北的李自成大乱，即郭沫若之所谓农民运动者。它能亡明而不能抗清，以致李自成变成了为满清开辟来路的另一吴三挂，客观上的吴三佳。所以李自成是民族的罪人” 。陶希圣也攻击《甲申》“这不啻是在民族复兴的关头，鼓吹着悲观另外，他也揪出郭沬若文章中有关李岩的史事不确和任意拨高，指责这是郭沬若为自己树立形象的个人品质。他在后来回忆这次事端时说：“民国三十四年(笔者案；应为民国三十三年)是甲申年。郭沫若发表一篇文章，以《甲申三百年祭》为题，将明末亡国的历史影射当时的时局。最无耻的是他以‘李公子’自命，说李闯王，如果听从李公子的话必能保有江山，不致败亡。我在中央日报发表社论以‘斥亡国主义’为题，痛加抨击。同时找出明末的史料，另作短文，证明清军入关，只打明朝的军队不打李闯的寇军。明朝失败乃是失败于清军与流寇夹攻之下。 叶青说郭沬若“际此甲申之年，特利用明亡的历史事实来作材料而妄想以明朝来隐射国民政府。郭沫若向来是共产党的同情者，而又薄有文名，自为执行这个宣传政策的适当人物。所以郭抹若底失败主义不过是共产党的失败主义之流露而已。” 这里，他把郭沬若本人称为一个政治上的投机者，以人品论文章，已经显示出论争的颓势。
《甲申三百年祭》也标志着现代史学一派中马克思主义史学的崛起。以政治经济学的观点评价研究历史，得出和传统史学以个人为中心在史学不同的结论，是新史学的突破口。《甲申》的发表，标志着郭沫若在马克思主义新史学的开拓中，有了新的突破。新史学崛起于三十年代的中国社会史论战，当时的论争焦点在于用社会经济史的观点去解释历史。而列宁认为能否正确评价人民群众创造历史的伟大作用，这是唯物史观与以往历史理论的两个最大区别之一。所以到三十年代末至四十年代初，两种历史观的争论，焦点集中在如何评价中国历史上的农民起义，特别是明末农民起义。所以，郭沬若也和他的历史剧一样，在历史研究中，以人民群众为中心的立场来对抗以帝王为中心的历史叙述。恢复了历史的本来面目。正如他本人在四七年所说：“《甲申三百年祭》是曾经引起过轩然大波的一篇文章。主要的原因就是因为我同情了农民革命的领导者李自成，特别是以仕宦子弟的举人而参加并组织了革命的李岩，这明明是帝王思想与人民思想的斗争，而这斗争我们还没有十分普遍而彻底地展开。” 当年这场斗争，是无产阶级领导的新民主主义文化同半封建半殖民地文化的斗争，唯物史观同唯心史观的斗争。在国统区，广大知识分子被剥夺了学术研究的自由，宣传历史唯物论被视为非法。“关于文化科学之探讨则禁制纷繁，使学者每每动辄得咎。例以史学高奖奖励研究皇汉盛唐，抑制研究宋末明季。帝王时代之传统史观仍被视为天经地义。有起而驳正之者即被认为‘歪曲历史’。洪秀全仍是叛逆，曾国藩依然圣哲。李自成万年流寇，崇祯帝旷代明君。似此情形，颇令人啼笑皆非，真不知人间何世。
历史是一面镜子。对明末农民起义的不同评价清楚地反映了国民党、汪伪汉奸和以中国共产党人及爱国民主人士为代表的人民大众的三种不同政治态度。从二十年代末至四十年化明末的历史越来越引起了活跃在中国政治舞台上的各党各派的关注，形成了持续达十余年之久的“晚明热”。“晚明热”的出现决非偶然，这是因为，在明朝末年的历史舞台上，出现过错综复杂的形势“野蛮部族的入侵，旧统治政权的崩溃，农民大众的起义。这三方面交互错杂，构成了一个极其复杂的形势，使得在三百年以后还值得我们来重加分析和认识。甲申三百周年祭的意义本不是在于抒发思古之幽情而已的啊” 随着民族危机的加剧，明末的这段历史自然容易使人产生历史的联想。“晚明热”本身所带有的政治色彩是不言而喻的。《甲申》推翻了明末清初以来史家大肆宣扬的“李自成万年流寇崇祯帝旷代明君”的唯心史观，歌颂了李自成领导的“规模宏大而经历长久的农民革命”的历史功绩，改变了以往史籍中对明末农民起义“盗”、“贼”、“匪”、“寇”之类的污蔑称呼，开创性地阐述了农民革命是推动历史前进的动力的唯物史观。
以中共左翼的历史学家都曾把注意焦点集中在明末农民起义上。翦伯赞在一九三九年三月撰写的《群众领袖与历史人物——历史哲学教程·再版代序》中就从史学理论角度对研究中国历史上的农民起义和农民领袖作过阐述。他本人在四O年入川后也写了不少研究明末历史的论文。一九四三年一月，陈家康在《群众》周刊上发表过《明末农民运动研究》一文，对明末农民起义的全过程作了回顾，肯定了“中国社会自从进入以封建制度为主要生产方式的历史阶段以后，农民运动就成为重要的社会动力。” 这些文章中，影响最大的，莫过于《甲申三百年祭》
其实，早在一九三九年十二月的《中国革命和中国共产党》中，毛泽东已对农民革命的伟大历史作用，作了精炼论述。到四二年，又进而提出用唯物史观科学地研究明末农民起义的任务。就在一月十五日在郭家讨论纪念甲申三百周年之前六天，四四年一月九日夜，毛泽东同志在看了《逼上梁山》后给延安平剧院杨绍萱、齐燕铭的信中，表扬了郭沫若的历史剧；“郭沫若在历史话剧方面做了很好的工作，而你们则在旧剧方面做了此种工作。” 信中同时阐述了历史是由人民创造的这一历史唯物主义基本原理，向革命的文化工作者发出了要恢复历史的真面目，把颠倒的历史再颠倒过来的号召。当时，陕北绅士李健侯以李自成农民起义史实为内容经“四易寒暑而稿成”了一部三十五万字的章回体小说《永昌演义》。四四年四月二十九日，毛泽东在给李鼎铭的信中也说过：“此书赞美李自成个人品德，而贬抑整个运动。实则吾国自秦以来二千余年，推动社会向前进步者主要是农民战争。大顺帝李自成将军所领导的伟大的农民战争，就是二千年来这几十次伟大战争中极著名的一次” 这也是明确的把农民战争作为历史进步的重要力量来看。所以，郭沬若的《甲申三百年祭》当是左翼史学界和中共的思想合作结果。
谢国祯对《甲申三百年祭》在中国现代史学史上的贡献作过如下评价“是编论证之长约有三点：一，以往统治阶级学者误解历代农民起义为流寇，著者以正确理论之根据，将农民起义提到历史日程上，成为在封建社会内推动历史发展之主要力量。……此均为精辟之论据，起指导之作用者” 。丁易认为“李自成这段历史经过及其失败教训，除了那些深中明文之毒的人不予重视外，一般进步的史家似乎也仅仅将他当作一个普通的无计划的农民起义看待，井未予以更高的评价”。而《甲申》“使这沉浮数百年的真相大白于世，不能不说是一件快事” 。《甲申》在马克思主义文学的发展和传播中的影响，由此可见一斑。
《甲申》起了开创和指导性的作用。20世纪四十年代从《甲申三百年祭》又发展后关于明末农民起义(不计张献忠)的文章中，大部分都是《甲申三百年祭》文已阐述到的问题，如明末农民起义的原因、历史教训、“均田”口号、评价李自成、李岩问题等等。可以说，《甲申三百年祭》一文奠定了明末农民起义研究的坚实基础，也奠定了以后有关明末农民起义的历史剧和历史小说的基础。应该是马克思主义新史学研究明末农民起义的开创性著作。