楚汉相争之时，其实已经没有了大秦帝国，此时的军队也谈不上是秦军了。但要追踪当年百万秦军的去向我们可以从后期秦末战争中分析。

一，王离的九原军。

这支军队最初是由蒙恬率领，修建长城，驻扎边防抵御匈奴的，并由公子扶苏作为监军，可以说是大秦最精锐的一直军团，人数大概在30-40万。后来公子扶苏自杀，蒙恬被害，军队交由王离率领。

在陈胜吴广起义之后，这支军队其实并没有调动，直到后期项梁等人率六国起义，才由王离率领十万九原军队南下平叛。留下20多万军队一直在九原，云中等郡驻防，毕竟北方防线太长，王离也不敢抽调太多军队参战，以预防匈奴入侵。

战争详情暂且不提，王离的十万大军最后被项羽所获，王离被俘。

二，赵佗率领的南越军团

始皇帝二十八年（公元前219年），秦始皇派屠睢为主将、赵佗为副将率领五十万大军平定岭南，后来在平定岭南的战争中屠睢战死，而赵佗最终帅军驻扎南越，在秦末战争中没有支援一兵一卒，最后成立了南越国。

所以这支五十万的南越军团一下抽调了大秦军团的一大部分战力，致使后来秦朝无法段时间抽调军队镇压起义。

三，章邯率领的骊山军团

这支军团是临时组建，可以不放在正规军中讨论。这支军队大约七十万，由刑徒组建战斗力一般，战争最后还剩二十万，最后也被项羽坑杀。这七十万的军团之中肯定不止刑徒，肯定还有地方军队。

四，京城戌卫兵

史记中记载大概有五万兵力，由卫尉，郎中令，内史令临时聚拢，来抵御农民军宋留大军的。后来宋留被章邯率领的骊山军团击溃，这支几万人的军队仍然驻扎咸阳，最后被项羽收编。

秦统一六国后，迅速发动了征服南越的战争。据《淮南子·人间训》记载，秦征服南越所调动的军队达到了惊人的五十万之众。公元前214年，秦正式攻占今广东、广西及越南北部地区，在此设置南海、桂林、象郡。然而仅仅八年之后，秦帝国即宣告灭亡。在公元前209年至公元前206年长达三年的战乱中，戍守岭南的五十万秦军竟然坐视秦朝灭亡而无动于衷，这又是为什么呢？

要搞清楚这个问题，我们首先需要知道秦王朝为什么要征服南越。

在完成中原统一后，秦王朝的大规模对外用兵有两次，一次是蒙恬将兵三十万北击匈奴，另一次就是征伐南越。早在秦统一六国之前，匈奴骑兵就时常威胁着秦、燕、赵的北部边境，赵国甚至常年在北部长城一线布防十余万军队以防御匈奴南侵。出击匈奴，可以彻底解决匈奴对关中地区的威胁。然而与匈奴相比，南越当时尚处于新石器时代后期，对中原的威胁极为有限，秦用于出击百越的兵力不仅远远超过北击匈奴所用，甚至战争时间还要早于北击匈奴的时间。早在公元前218年，秦将屠雎即率五路秦军攻击南越。两年之后，蒙恬才领军收复河套。为什么秦王朝对南越的重视甚至超过对匈奴的重视？

普天之下皆王土。始皇以法家治国，“事在四方，要在中央，圣人执要，四方来效”的理念，让秦始皇把南进北击无限扩大疆域作为自己的使命也就不难理解了。同时，征伐南越有着战略上的优势。彼时，六十万秦军刚刚完成对楚国的征服，今湖南、福建等地尽归秦土，对南越已经形成了战略上的钳形攻势，顺势南下收复南越也就在情理之中了。然而相比北击匈奴的顺利，第一次征南战争却以秦军的大败告终，连秦军的统帅屠雎也战死了。史载，南越土著“与禽兽处”也“莫肯为秦虏”。这不得不让秦始皇重新调整征服南越的战略：稳扎稳打，攻心为上，移民实边，长期驻守。公元前214年，任嚣、赵佗统军第二次南征，秦发诸尝逋亡人、赘婿、商贾随军，不仅为秦军建立了稳定的军事据点，也在很大程度了开发了岭南地区，使得秦军顺利攻占该地，设置三郡。直至四年后秦始皇病死沙丘，秦征伐南越的五十万军队都未见北归。史书没有记载秦王朝为什么没有召回这部门秦军。不过很显然，这应该是得到秦始皇的允许的，甚至我们可以大胆推测，为了彻底征服南越之地，始皇可能有特殊诏命给任嚣、赵佗，以防秦军一旦撤离，百越族重新占领三郡，导致数十万阵亡秦军的献血白流。这一点，从任嚣病故前对赵佗的嘱咐可以窥见一二。公元前209年，陈胜、吴广起义爆发，作为南越地区最高统帅的任嚣在弥留之际嘱咐龙川令赵佗“休息其民，姑待诸侯之变。”

如果最高统帅统帅有意置身之外的话，那么，五十万普通的秦军是否有北上救援的主观愿望呢？毕竟戍守岭南的秦军主要来源于王翦伐楚时的六十万人，可以说，多数是秦人，他们难道会眼睁睁看着秦国灭亡吗？或许他们的父母妻儿还在中原等待他们归来，他们会坐视家园毁灭吗？出乎意料的是，这五十万秦军面对中原大乱表现出了异乎寻常的平静。除少数“长吏”被赵佗以违犯秦法的罪名处死外，普通秦军士兵并未出现逃亡和哗变，反而是听从赵佗调遣，在广西兴安筑起秦城，并沿广西三江至广东南雄一线布防，闭关自守。这条防线直至吕后时期依然坚不可摧，阻挡着汉军南下的脚步。

特殊使命。面对中原大乱，岭南秦军的异常表现，让我们不得不猜测其中的缘由。一种可能是在执行某种使命；第二种可能是赵佗想要割据称王。我们先来分析第二种可能。赵佗在秦王朝灭亡后确实闭关称王，甚至一度称帝。不过，赵佗的表现却并不像一个野心家。赵佗所控制的地域仅限于三郡，人口和经济远不及中原地区，如果赵佗有意坐视秦朝灭亡然后割据一方的话，那在中原内乱时，手握五十万雄兵的赵佗就应该北上争抢地盘，至少动员秦军北上可以顺理成章的打着平叛的旗号，毕竟，项羽鼎盛时兵也不过四十余万。赵佗非但没有出兵，甚至在汉王朝完成统一后向汉称臣。是赵佗没有实力北上吗？显然不是。吕后时，汉王朝与南越关系恶化，汉军一度南下征讨，赵佗也自封帝号。这次冲突汉军非但没有占到任何便宜，反倒是南越军队北上攻入了长沙国境内。连夜郎、同师等周边国家也摄于南越的强盛，遣使称臣。汉文帝继位后，赵佗随即去帝号再次向汉称臣。赵佗的举动似乎在告诉我们他只满足于南越三郡，而不想与中原抗争。那现在我们来分析第一种可能，赵佗以及岭南秦军是在执行某种特殊使命，即：让长期游离于中原文明之外的南越地区彻底并入华夏。这虽然是一种猜测，但也不乏佐证。秦末中原大乱之际，桂林、象郡境内的百越部族趁机反叛，建国独立。如后蜀王子建立了“西瓯骆裸国”，脱离秦朝控制。南越秦军在完成北境布防后，迅速南下平定了此次叛乱。如果当时岭南秦军主力北上回援，那辛苦打下的岭南三郡可能就会重新脱离中原文明。

回归中原。自公元前214年五十万秦军停驻岭南，直到汉武帝建元四年（公元前137年）统帅赵佗去世，这支秦军及其后裔既经历了秦末大乱，也经历了汉初的多次诸侯内战。他们本有无数次的机会北上，却都安心戍守在南越。虽然坐视了秦王朝的灭亡，却在客观上加速了南越三郡并入华夏的进程。或许，他们以及他们的统帅赵佗真的是在执行某种使命吧。我们已无从印证。