杰克逊于1824年生于弗杰尼亚州的克拉斯伯格的一个苏格兰移民家中。其父亲是一名在当地小有名气的律师。在他刚两岁的时候，他的父亲就因为伤寒而去世了。很快母亲带幼小的杰克森改嫁了，但在他七岁的时候母亲也病死了，改由叔父抚养，童年的杰克逊在叔父的农场中，放牧牛羊、收获庄稼。因为常在户外活动，少年杰克逊身体很强壮。由于家境不好，杰克逊只接受了四年的小学教育。靠着顽强的毅力，青年杰克逊自学成才，还兼任过几年小学教师。
18岁的杰克逊在克拉克堡县保安队当了两年警官。在警队里，他表现优异，二十岁的杰克逊得到议员推荐，报考西点军校。杰克逊笔试不佳，但面试中，给战争部长留下了很深的印象，因此入学。在西点杰克逊穿着土气，举止粗鲁古怪，是典型的的乡下人。刚入学时，杰克逊成了被人捉弄的对象，后来，同学们发现这个山区青年虽然为人谦和土气，但性格坚毅勇气过人，很快大家就对他另眼相看了。入学之初，杰克逊的成绩全班垫底，数学最差。凭着顽强的毅力，以勤补拙。1846年毕业时，杰克逊的成绩全班59人中列17。后来的北军主将乔治·布林顿·麦克莱伦，是杰克逊的同班同学。
西点毕业以后，杰克逊成了炮兵少尉。不久参加墨西哥战场。美墨战争期间，杰克逊作战勇敢，战争结束时升为少校。杰克逊的个性顽强，一次战斗中曾拒绝执行上级的撤退命令。事后证明杰克逊是正确的，他不但没受惩罚，还因此得到上级的表扬。战争中，杰克逊结识了同乡罗伯特·李，1859年两人联手抓获了废奴主义者约翰·布朗，更是加深了友谊，几年后两人联手，成了林肯和北军的噩梦。战争结束后，杰克逊曾驻扎纽约和佛罗里达。1851年春，杰克逊辞去了联邦军职，出任弗吉尼亚军事学院自然哲学教授和炮兵战术教官。
位于列克星顿的弗吉尼亚军事学院成立于一八三九年，有“南方西点”之称，是美国第一所州立军事学院。内战期间为南军提供了大批军官，使南方很快完成了战争动员。在弗吉尼亚军事学院，杰克逊编写了一本炮兵教材，它基于实战经验，简洁实用，至今仍被使用。杰克逊的个性刻板严厉，举止古怪，对宗教极为虔诚，是一位不受欢迎的教授。但是，到了战场上，杰克逊的刻板就成了坚毅，严厉就成了要求部下绝对服从。杰克逊的部下对他从怨恨到崇拜，一直到跟着他百战百胜。杰克逊很关心自己的健康，他不吃辣、不喝酒、不吸烟、不打牌。为了帮助消化，嘴里总是嚼着柠檬，甚至要求部下等他嚼完柠檬后再发出作战命令。
杰克逊于1853年成婚，一年后妻子死于难产。三年后再婚，婚后生活幸福。这时的杰克逊是一个循规蹈矩的军事教员，谁也不知道他会在内战中成为一代名将。1857年，杰克逊携新婚妻子造访加拿大魁北克的亚伯拉罕平原战役遗址，瞻仰了英军统帅詹姆斯·沃尔夫将军纪念碑。98年前，沃尔夫在此击败了法军，使法国割让了整个魁北克，沃尔夫在战役中阵亡。杰克逊在纪念碑前驻足神往，大声朗读碑着沃尔夫的遗言，难以自制：“能象他这样死得其所，生而无憾”。从此，沃尔夫成了他心中的偶像。几年后的内战，给了杰克逊施展才华的机会。内战的头两年，杰克逊成了军事史上一颗耀眼的明星，放射出夺目的光芒，然后又骤然坠落。

托马斯·乔纳森·杰克逊（Thomas Jonathan Jackson，1824年1月20日或21日~1863年5月10日）美国内战期间著名的南军将领。绰号石墙杰克逊，有部分历史学家认为，如果以战绩作比较，托马斯·杰克逊是美国内战中唯一的英雄。